2019.08.27 更新

slurm作业调度系统已安装,请使用slurm来提交小模拟 以 1d 为例

echo data | srun -p debug -N 1 -n 需要的核数 /epoch的路径/

一、什么是 QILA?

QILA 是 QED、Ion Acceleration、Laboratory Astrophysics、Attosecond 的首字母缩写 ,是我们组的数据存储服务器。QILA 有如下几个使命:

  1. 存储数据。QILA 现在配有近30T的存储空间,供大家存储数据。
  2. 处理数据。QILA 性能强劲,64G内存加两颗至强 E5-2620 芯片加 Pascal 显卡,足够处理海量数据。
  3. 小型模拟。如前所述,QILA 性能强劲,可用32核,可以跑一些小规模模拟。为不影响其 他人使用,尽量将模拟时间控制在10个小时内。
  4. 托管网站。目前组内论坛托管在 QILA 上。

二、如何下载广州超算的数据?

以 pku_bqiao_1 账户为例

rsync -avzhe ssh --progress  gzcs:/WORK/pku_bqiao_1/远程路径 /本地路径

关于rsync的更多用法可以查阅这个链接。 使用rsync的好处是如果下载断了,下次可以接着下。除了rsync之外,还可以使用sftp等命令。

三、如何用两台工作站跑小模拟?

以 1d 为例

echo data | mpirun -n 64 -host master,slave /home/work/workspace/epoch-4.10.1/epoch1d/bin/epoch1d

注意-host master,slave分别是两台工作站的主机名。

四、如何远程处理数据?

使用 Jupyter Notebook

用浏览器打开 https://162.105.54.170 。可以看到一个登陆界面,我根据 workspace 下面大家各自的文件夹名字给大家建立了账号,例如:iridium sxf leiz 等,初始密码为 123456。使用账号密码登陆后即可使用 Jupyter Notebook 处理数据。

请大家采用如下命令及时修改密码

sudo passwd 用户名

Jupyter 快速上手

参考 /home/work/workspace/tutorial.ipynb 的内容。